고지라 2000 밀레니엄

고지라 연구소의 시노다 유지와 과학잡지 기자 이치나세 유키, 그리고 시노다의 딸인 이오는 고지라가 곧 나타날 것이라고 말하며 피해를 대비한다.
그러던 어느 날, 드디어 고지라가 나타나 온갖 시설을 파괴하고 도시를 불바다로 만든다.
한편 카코시마의 바다에서 나타난 괴어 우주물체가 UFO로 변신하여 고지라를 공격한다.
흉측한 모습으로 변한 UFO와 고지라는 일대 전투를 벌이게 되는데…